实例十:肺炎查因未果?宏基因组检出找出了这些…

案例信息

年龄:66岁

性别:

样本类型:肺泡灌洗液

主诉:反复咳嗽、咳痰40余年,气促6年,加重1月

现病史:患者40年来反复于感冒或气候变化时出现咳嗽、咳痰,痰为白色粘痰,无发热、胸痛、盗汗、心悸等症状,每年累计于3月,多次至当地医院就诊,予“消炎、止咳”药物(具体不详)后可缓解。6年前出现活动后胸闷气促,快步行走或爬楼后出现,休息后可缓解,多次于当地医院住院治疗,诊断为“慢性阻塞性肺疾病急性加重期”,予抗感染、止咳、化痰”等治疗(具体不详)后好转出院。出院后未规律治疗。1月前于感冒后患者上述症状较前加重,痰为黄脓痰,每日量约100~150m,稍活动即感气促明显,无夜间阵发性呼吸困难,至当地医院就诊,具体治疗不详,患者咳嗽、咳痰无明显好转,今为求进一步诊治,门诊以“慢性阻塞性肺疾病急性加重期”收住A院呼吸科。患者自起病以来,精神、饮食、睡眠差,大小便正常,近期体重无明显变化。

临床检测与诊断

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宏微 RPD-seq™ 检测

采集患者的肺泡灌洗液样本,采用illumina高通量临床检测平台进行测序,使用赛哲自主研发“RPD-seq Server”分析平台进行生物信息分析。

检测结果如下: 细菌【见下表】,真菌【未见】,其它【未见】,病毒【见下表】

表1-1 细菌

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表1-2 病毒

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病情发展进程

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患病类型与依据

患病类型:
① 慢性阻塞性肺疾病急性加重期并感染;
② 双肺支气管扩张并感染;
③ II型呼吸衰竭。

诊断依据:
① 患者老年女性,病程长,病情迁延反复,反复咳嗽、咳痰40余年,气促6年,加重1月;
② 查体:神清,未吸氧下血氧饱和度为80%,口唇及指端发绀,咽无充血,扁桃体不大,颈静脉不怒张,全身浅表淋巴结未触及。肺气肿征(+),桶状胸,双肺叩诊过清音,双肺呼吸音弱,未闻及干湿啰音,双下肢无浮肿,余查体无异常;
③ 检查资料:
急诊血常规:白细胞:16.8×10⁹/L,中性中性粒细胞比例:91.1%, 中性粒细胞绝对值:15.38×10⁹/L,CRP:91.9 mg/L;
胸部CT示:右肺中叶左肺上叶舌段及下叶支气管扩张并左肺下叶黏液栓形成,并双肺内散在多发渗出;纵隔内多
发肿大淋巴结。
宏微 RPD-seq™ 检测铜绿假单胞菌 Total reads percent:92.08%,Total reads:9903。

分析与总结

分析

根据患者咳嗽、咳黄脓痰、呼吸困难临床表现,结合患者入院血象及感染指标升高,胸部CT提示双肺支气管扩张并肺内多发渗出,临床高度怀疑患者存在细菌感染,行痰培养、痰涂片、肺泡灌洗液培养、支气管刷片镜检等临床常规检查均未见阳性结果,临床只能予经验性抗感染治疗。
利用宏基因组测序技术对患者肺泡灌洗液进行宏微 RPD-seq™ 检测,结果检出四种细菌及一种病毒。其中铜绿假单胞菌,序列片段数目最多,结合患者胸部CT提示右肺中叶左肺上叶舌段及下叶支气管扩张,该患者存在气道改变,是铜绿假单胞菌感染高危因素,结合临床,多考虑患者主要致病菌为铜绿假单胞菌。该患者使用“头孢哌酮他唑巴坦针及阿米卡星针”覆盖该病菌,故患者使用上述抗生素后,症状逐渐好转,血象及感染指标逐渐恢复正常,通过治疗效果验证宏微 RPD-seq™ 检测的结果。患者抗感染治疗10天后,病情明显好转,予出院,出院后电话随访患者病情,症状无反复。

总结

临床医生选择了正确的抗生素,使患者病情一路好转。传统病原学检测方法检出率低,对临床指导意义欠佳,而新一代测序技术的出现,为临床医生早期确定病原菌,针对性运用敏感抗生素抗感染治疗,治疗效果好,减少患者住院时间,节约住院费用。同时减少广谱抗生素的使用,减少耐药率,避免二重感染的发生,临床意义巨大。

案例分析